2004년 이후 여러 번의 규정 개정을 거치며 여교수회의 활동 목적은 상호교류를 넘어 여성교원의 권리와 복지증진 및 대학행정에의 능동적 참여와 양성평등 문화정착을 통한 대학발전 및 지역사회공헌으로 확대되었습니다.

2011년 여교수회는 대학교육 및 운영의 최고 심의기구인 교수회의 공식조직으로 체제를 정비하고, 명칭을 여교수협의회로 변경하였지만 대학 회계 예산 배정과 집행 및 사업 운영에 있어 고유성과 자율성을 유지하고 있습니다.

여교수협의회는 1999년 창립총회에서 부터 현재까지 무기명 투표로 선출된 회장, 정기총회에서 인준을 받은 부회장, 총무, 재무, 분과위원장, 운영위원장, 분과위원들(학술 및 자체 역량 강화 위원, 교권보호 및 복지증진 위원, 봉사 및 지역사회 네트워킹 강화 위원, 불편사항 개선 위원), 단과대학 운영위원들을 비롯하여 모든 여교수님들의 참여와 의견개진을 통해 운영되고 있습니다.

여교수협의회는 대학의 여성기구협의체(여교수협의회, 여대생커리어개발센터, 제주대학교 WISET 사업단, 여직원회, 총여학생회) 구성은 물론 지역의 양성평등 및 여성정책개발 기관들(제주여성가족연구원, 제주특별자치도 성평등정책관실, 제주여민회 등) 그리고 지역사회의 다양한 기관들과의 상호협력하며, 여교수협의회 활동 목적에 맞는 다양한 사업들을 수행하고 있습니다.